Hoàng đế Sùng Trinh giết một trong những cô con gái của mình ', được miêu tả bởi Martino Martini trong De Bello Tartarico Historia (1655)

Trong lúc đó tình hình triều Minh ngày càng nghiêm trọng. Phía đông bắc quân Thanh uy hiếp nặng nề, bên trong quân khởi nghĩa Lý Tự Thành và Trương Hiến Trung ngày càng lớn mạnh. Lý Tự Thành nêu cao khẩu hiệu "chia ruộng đất cho dân cày, miễn nộp lương thực", "không đi phu" khiến dân chúng nhiều nơi hưởng ứng. Năm 1641, Lý Tự Thành đánh chiếm Lạc Dương, phát triển lực lượng lên hàng triệu người, còn Trương Hiến Trung cũng đánh chiếm Hán Dương, Vũ Xương, Nhạc châu, Trường Sa, Bảo Khánh…[25][26].

Tháng 8 năm 1643, Minh Tư Tông cử Tôn Truyền Đình làm Binh bộ Thượng thư mang 10 vạn quân ra dẹp quân nổi dậy. Tôn Truyền Đình đánh từ Đồng Quan, còn Tả Lương Ngọc mang quân Hà Nam, Tứ Xuyên cùng tiến. Lý Tự Thành tập trung quân tinh nhuệ ở Hồ Quảng tới Hà Nam, dụ Tôn Truyền Đình vào sâu và đánh cho đại bại. Nhiều trấn đầu hàng Lý Tự Thành.

Đầu năm 1644, Sấm vương Lý Tự Thành tự xưng là hoàng đế, đặt tên nước là Đại Thuận và chia quân làm 2 đường tiến đánh Bắc Kinh. Lý Tự Thành viết thư cho Sùng Trinh, ra tối hậu thư tới ngày 15 tháng 3 phải đầu hàng; đồng thời viết thông báo đi các nơi công bố tội trạng của vua quan nhà Minh.

Sùng Trinh muốn điều động Ngô Tam Quế về cứu viện, nhưng Tam Quế bị mắc ở biên cương không thể quay về, do đó Sùng Trinh thôi ý định triệu hồi Tam Quế. Ông sai thái giám tới đôn đốc phòng thủ Sơn Hải Quan, Đức châu, Tô châu, Thiên Tân, Lâm Thanh…

Nhưng tin thất trận liên tiếp báo về. Sang tháng 3 âm lịch, Lý Tự Thành bắt sống Tấn vương Chu Cầu Quế, còn Tuần phủ Sái Mậu Đức tự vẫn; Trương Hiến Trung vây hãm Trùng Khánh, giết Đoan vương Chu Thường Hạo và Tuần phủ Trần Sĩ Kỳ. Các trấn Ninh Vũ, Đại Đồng, Bảo Định, Tuyên Phủ đều thất thủ. Tướng Đỗ Huấn từ phủ Đại Danh ra nghênh đón đầu hàng Lý Tự Thành. Minh Tư Tông không tin, cho rằng Đỗ Huấn tử tiết vì nước nên phong cho con em Huấn làm quan[27].

Lý Kiến Thái nghe tin Tổng đốc Đại Danh là Khương Tương hàng Đại Thuận, bèn viết biểu khẩn cấp gửi về triều, đề nghị Sùng Trinh đưa thái tử Chu Tử Lãng chạy xuống phía nam vì thế quân Đại Thuận rất mạnh không thể chống nổi. Trong triều có những ý kiến tán đồng, nhưng Minh Tư Tông nhất định không nghe theo. Ông họp đại thần và nói rằng[28]:

Không phải trẫm là hoàng đế mất nước mà các khanh đều là bề tôi mất nước

Minh Tư Tông còn ra chiếu tự kể tội mình đã mắc sai lầm để ổn định lòng người. Trước tình hình nguy cấp, ông đề nghị các vương hầu đóng góp tiền bạc, lương thảo. Nhiều đại thần đề nghị ông xuất tiền của trong kho (nội noa) ra để cứu vãn tình hình, nhưng Sùng Trinh nhất định không chịu, rồi nhỏ lệ khóc và nói rằng kho đã hết sạch[18].

Ngày 12 tháng 3, quân Đại Thuận tiến đánh Nam Bình. Tổng binh nhà Minh là Lý Luyện tự vẫn. Quân khởi nghĩa phóng hỏa đốt cháy hưởng điện của 12 lăng nhà Minh. Ngay đêm đó Lý Tự Thành vượt sông Sa Hà tiến thẳng đến Bắc Kinh.

Trong thành, một số thái giám báo tin ra ngoài cho quân Đại Thuận biết và hẹn ngày mở cổng thành. Thái giám Tào Hóa Thuần được sai giữ thành lại cho rằng nếu Ngụy Trung Hiền còn sống có thể đã không xảy ra việc như vậy, Sùng Trinh trong lúc hoảng loạn nghe theo, lại sai người thu thập xác Ngụy Trung Hiền để chôn cất[29].

Trong kinh thành nháo nhác, tới ngày 16 Sùng Trinh mới biết tin quân địch đã đến. Trưa ngày 16, quân Đại Thuận hoàn tất việc bao vây thành và bắt đầu tấn công. Quân Đại Thuận đánh vào Lư Cầu Kiều và Bình Tắc Môn, Chương Nghĩa Môn. Ba đại doanh đóng bên ngoài bảo vệ cổng thành đều tan vỡ, quân trang và kho thuốc súng đều lọt vào tay quân Đại Thuận.

Quân Minh bị thiếu ăn nhiều ngày đã oán giận, nên lúc đó nhiều người đào ngũ hoặc ngồi yên không chiến đấu. Hoạn quan Đỗ Huấn đã hàng Lý Tự Thành gửi thư dụ hàng nhưng Sùng Trinh không tiếp nhận thư.

Ngày 18 tháng 3, quân Đại Thuận đã đến rất gần, các hoạn quan mà ông trọng dụng lũ lượt ra hàng. Tào Hóa Thuần, Vương Tương Nghiêu, Vương Đức Hóa mang 300 tiểu thái giám ra quy phục Lý Tự Thành. Thành ngoài thất thủ. Một thái giám khác cũng theo lệnh Lý Tự Thành vào thành đề nghị ông nhường ngôi, nhưng ông không chấp nhận[30].

Vị trí mà hoàng đế Sùng Trinh được cho là đã treo cổ tự tử.

Đêm 18, Minh Tư Tông viết lệnh giao việc đốc quân phò tá thái tử cho Chu Thuần Thần, nhưng khi gọi các thái giám mang lệnh đi thì không còn ai[31].

Sùng Trinh biết cơ nghiệp đã mất, bèn gọi Chu hoàng hậu tới đưa cho rượu độc uống tự vẫn trước. Sau đó ông bảo Viên quý phi treo cổ tự vẫn, nhưng sợi dây đứt và Viên phi rơi xuống đất. Sùng Trinh liền tự tay chém vào vai Viên phi nhưng vết thương chỉ khiến nàng ngất đi.

Sau đó ông giao thái tử Chu Tử Lãng, Định vương Chu Tử Quýnh và Vĩnh vương Chu Tử Chiếu cho các ngoại thích họ Điền, họ Chu trốn đi và dặn phải mai danh ẩn tích, nếu có cơ hội phải báo thù. Còn lại 2 công chúa Trường Bình và Chiêu Nhân, Sùng Trinh lấy tay áo che và vung kiếm chém, Trường Bình đã lớn, giơ tay lên đỡ, bị chém đứt cánh tay phải lăn ra bất tỉnh. Còn công chúa Chiêu Nhân ít tuổi, bị Sùng Trinh chém chết.

Minh Tư Tông cải trang thành dân thường, dẫn theo hơn 10 nội giám bỏ trốn. Canh 3 đêm đó ra cửa Đông Hoa, tới cửa Tế Bắc thì sợ đến phía nam sẽ bị cản lại, bèn men theo ngõ hẹp vòng ra Tiền Môn, không ra được phải vòng qua An Định môn. Loanh quanh vẫn không ra được bèn trở về cung, đích thân gióng chuông định bàn bạc với các quan, nhưng không còn ai tới ngoài người thái giám trung thành Vương Thừa Ân[32].

Sáng ngày 19 tháng 3 (tức ngày 25 tháng 4 dương lịch), quân Đại Thuận được các thái giám mở cổng thành ồ ạt tiến vào thành. Sùng Trinh bèn cùng Vương Thừa Ân bỏ chạy, trèo lên núi Vạn Thọ (tức Môi Sơn, nay là Cảnh Sơn), bước tới dưới một gốc cây hòe ở đình Thọ Hoàng, từng là kiểm duyệt nội thao của hoàng đế. Ông cởi bỏ hoàng bào, giận dữ viết lên vạt áo[33]:

“

Trẫm đức mỏng phận hèn, bị trời quở phạt, dẫn tới nghịch tặc kéo thẳng vào kinh sư, đều do các bề tôi hại trẫm. Trẫm chết, chẳng còn mặt mũi nào nhìn thấy tổ tông, tự vứt bỏ mũ áo, lấy tóc che mặt, để mặc cho giặc phanh thây, không thương hại tới một người dân chúng.

”

Sau đó Minh Tư Tông đi chân đất mặc quần áo nhẹ, rối tóc che mặt, đứng đối diện với Vương Thừa Ân và treo cổ tự vẫn. Năm đó ông 33 tuổi, tính theo tuổi ta là 35 tuổi[34]. Vương Thừa Ân cũng tự vẫn theo ông cùng với trên 40 người nữa.